با توجه به روایات، در صدراسلام محل ویژه‌ای برای زندانی کردن افراد وجود نداشته و نخستین زندان در اسلام را حضرت علی(ع) در کوفه از بوریای فارس ساخت و آنجا را «نافع» نامید، وی مرتباً از زندان‌ها بازدید از احوال زندانیان جویا می‌شد، چرا که در اسلام پایه و مبنای کیفر حبس اصلاح و توبه متهم است.
مفهوم کلمه زندان تحت عنوان یسجن، امسک، وقف، در آیات متعدد قرآن کریم ذکر شده است. در آیه ۳۵ سوره یوسف می‌فرماید: «ثم بدالهم من بعد ما راوا الایات لیسجننه حتی حین»
آنگاه پس از دیدن همه نشانه‌های (پاکی یوسف) به نظرشان رسید که او را تا چندی به زندان افکنند و همچنین در آیهٔ ۱۵ سورهٔ نساء چنین مقرر شده: «واللاتی یاتین الفاحشه من نسائکم فاستشهدوا علیهن اربعه منکم فان شهدوا فامسکوهن فی البیوت حتی یتوفیهن الموت اویجعل الله لهن سبیلا»
(زنانی که عمل ناشایست کنند و چهار شاهد مسلمان بر آن‌ها بخواهید چنانچه شهادت دادند در این صورت آن را در خانه نگهدارید تا عمرشان به پایان رسد یا خدا برای آن‌ها راهی پدیدار گرداند) عده‌ای از فق‌ها که به مشروعیت حبس کردن از نظر قرآن مجید معتقدند و به قسمت آخر آیهٔ ۳۳ از سورهٔ مائده تمسک می‌جویند که می‌فرماید: «اوینفقوا من الارض...» و می‌گویند مراد از نفی در این آیه زندانی کردن است.
با توجه به روایات، در صدراسلام محل ویژه‌ای برای زندانی کردن افراد وجود نداشته و اسیران را یا در مسجد به طور موقت نگهداشته و یا در میان مسلمین که با حکومت وقت همکاری صمیمانه داشتند تقسیم می‌کردند تا از آنان نگهداری کنند.
در حدیث آمده است که حضرت رسول اکرم (ص) مردی از طایفهٔ بنی حنیفه که او را شمامه بن آثال می‌گفتند و بزرگ طایفه بود در مسجد مدینه حبس کرد. حضرت رسول اکرم (ص) همواره زنجیر کردن اسرا و زندانیان را نهی می‌فرمودند و در صدر اسلام زن و مرد زندانی از هم جدا نگهداری می‌شدند.
در روایات آمده است که رسول اکرم (ص) افراد را در اتهام خون، حبس می‌فرمودند و در اتهامات دیگر، مقداری از روز را حبس می‌کردند. روش مذکور همان روش نیمه آزادی است که امروز در کشورهای مترقی اجرا می‌گردد.
نخستین زندان در اسلام را حضرت علی (ع) در کوفه از بوریای فارس ساخت و آنجا را «نافع» نامید و سپس زندان دیگری از خاک و گل بنا کرد اسم آنجا را «مخیس» (خار کردن ـ نرم کردن) گذاشت. کیفر حبس بر پایه تفکر اصلاحی و توبه بوده است.
از حضرت علی (ع) نقل شده است که آن حضرت به افرادی از زندانیان که قصد حضور در نماز جمعه را داشتند اجازه می‌داد که به نماز جمعه بروند و بعد از اتمام نماز دوباره به زندان برگردانده می‌شدند.
یکی از بازاری‌های اهواز به امام خیانت کرد و آن حضرت به رفاعه که زندانیان محکوم بود نوشت: «چنانچه کسی برای او غذایی و نوشابه‌ای و یا رختخوابی آورد از آن جلوگیری مکن. دستور بده زندانیان را به جز «ابن هرمه» هنگام شب برای تفریح و هواخوری به حیاط زندان بیاورند چنانچه در مورد ابن هرمه نیز احتمال خطری ندادی او را هم به همراه دیگران به خارج از زندان بیاور». حضرت علی (ع) مرتباً از زندان‌ها بازدید از احوال زندانیان جویا می‌شد.
در زمان عمر بن خطاب که سرزمین مسلمانان وسعت یافت و بر تعداد امت مسلمانان افزوده شد نیاز جامعه به زندان بیشتر مشهود گردید. عمر در مکه خانه‌ای را از سفوان بن امیه به چهار هزار درهم خرید و به زندان اختصاص داد. بعد زندان‌هایی در شهرهای مختلف بنا و اکثر آن‌ها به همان شهر نامیده شد. از ویژگی‌های زندان‌های آن زمان تفکیک زندانیان به شرح زیر بود: زندان خاص بزهکارانی که به علت عدم پرداخت بدهی بازداشت می‌شدند. زندان مخصوص سارقین، زندان سایر خطاکاران.
در زمان خلافت امویان زندان‌های متعددی در حجاز، عراق و شام احداث شد. شهرت اینگونه زندان‌ها به علت شخصیت‌هایی بود که در آن زمان زندانی بودند. بد‌ترین زندان دوره بنی امیهف زندان واسط در عراق بود به طوری که مورخین نقل کرده‌اند ۱۸۰ هزار نفر زن و مرد در محوطه وسیعی بدون سقف و پوشش در آنجا نگهداری می‌شدند.
حبس با شکنجه توام بود و زندانیان را با زنجیرهای آهنی می‌بستند گاهی خلیفه‌ای به حکومت می‌رسید و با صدور عفو مردمی، زندانیان را آزاد می‌کرد و الا زندان محل مرگ تدریجی بود.
به مرور زمان عده‌ای از اتباع کشورهای دیگر در بین مسلمین به حکومت رسیدند با نهایت قساوت و شقاوت، انواع شکنجه‌هایی را که در کشورشان متداول بود به مورد اجرا گذاشته و از هرگونه ظلم و بی‌رحمی دریغ نداشتند.
